10月3日，毛澤東主持召開(kāi)中共中央政治局常委會(huì )擴大會(huì )議，決定“讓金、馬留在蔣介石手中”。這一決定意味著(zhù)中共中央將原定先收復金、馬再解放臺灣的“兩步走”調整為“一攬子解決”臺、澎、金、馬問(wèn)題。根據新的策略，中共中央決定暫時(shí)停止炮擊金門(mén)，以沒(méi)有美艦護航為條件，允許國民黨軍隊運輸補給物資；并制定了對金、馬“打而不封，封而不死”的新策略。

10月6日、13日、25日，《人民日報》相繼發(fā)表由毛澤東起草，以國防部長(cháng)彭德懷名義發(fā)布的《告臺灣同胞書(shū)》《國防部命令》《再告臺灣同胞書(shū)》，陸續宣布對金門(mén)暫停炮擊7天、兩個(gè)星期、單(日)打雙(日)不打，同時(shí)闡述原則立場(chǎng)和政策主張，主要是：第一，堅持一個(gè)中國是國共兩黨共同的立場(chǎng)；第二，反對美國制造“兩個(gè)中國”；第三，國共兩黨舉行談判，和平解決臺灣問(wèn)題；第四，臺灣問(wèn)題是中國內政，不受外國干涉。

大陸方面宣布暫停炮擊后，10月13日，毛澤東還親自約見(jiàn)了曹聚仁，重申了中共中央1955年至1956年提出的和平解決臺灣問(wèn)題的政策，并且有了新的發(fā)展，涵蓋社會(huì )制度、軍隊、財政、經(jīng)濟、生活方式等方面，請其向臺灣當局轉達。

大陸方面炮擊金門(mén)的策略性調整和公開(kāi)宣布的原則立場(chǎng)、政策主張，增加了蔣介石拒絕美國要求其從金門(mén)馬祖撤軍的籌碼，促使美國在10月23日于美臺雙方會(huì )談公報中聲明“金門(mén)連同馬祖的防務(wù)是從臺灣和澎湖的防務(wù)密切相關(guān)的”。這意味著(zhù)美國不再強行要求臺灣當局從金、馬撤軍。

10月31日，毛澤東指示：逢雙日一律不打炮，使蔣軍可以出來(lái)活動(dòng)，曬曬太陽(yáng)，以利持久。只在單日略打一點(diǎn)炮。1959年1月9日，中央軍委指示前線(xiàn)部隊單日不一定都打炮。此后雙方心照不宣，炮彈基本往無(wú)人區射擊。1961年12月至1978年12月31日，雙方炮擊又改打“宣傳炮”，即用大炮發(fā)射宣傳品。

1979年1月1日，中美兩國建交，美國政府和臺灣國民黨當局的“共同防御條約”即告終止。同日，全國人大常委會(huì )發(fā)表《告臺灣同胞書(shū)》，宣布爭取和平統一祖國的方針；國防部長(cháng)徐向前發(fā)表《關(guān)于停止炮擊大、小金門(mén)等島嶼的聲明》，福建前線(xiàn)部隊對金門(mén)的炮擊即告停止。

影響

大陸方面炮擊金門(mén)，集政治、軍事、外交斗爭與一體，蔚為世界戰爭史上的奇觀(guān)。這次炮擊金門(mén)，對兩岸關(guān)系產(chǎn)生了深遠而積極的重大影響，最為重大的意義在于粉碎了美國“劃峽而治”、制造“兩個(gè)中國”的陰謀，并且第一次指出國共兩黨都認為世界上只有一個(gè)中國、沒(méi)有“兩個(gè)中國”，推動(dòng)臺灣當局堅持了一個(gè)中國立場(chǎng)，對兩岸關(guān)系產(chǎn)生深遠而積極的影響；其次，懲罰了臺灣當局的軍事挑釁，還推動(dòng)恢復了美國單方面中斷的中美大使級會(huì )談；同時(shí)，牽制了美國，有力地支持了中東地區人民反帝反壓迫的民族解放斗爭。

炮擊金門(mén)后，在尖銳的兩岸軍事對峙中，中共中央繼續為爭取通過(guò)談判和平解決臺灣問(wèn)題而努力，并豐富和發(fā)展了和平解決臺灣問(wèn)題的重要原則和政策主張，提出了包括“一綱四目”、容許臺灣保持原來(lái)的社會(huì )制度等一系列重要政策主張，為爭取祖國完全統一提供了寶貴的思想財富。

而國民黨方面經(jīng)過(guò)金門(mén)炮戰認識到，美國對其“反攻大陸”的支持是以不被拖入與中國大陸的戰爭為條件，不得不對“反攻大陸”計劃進(jìn)行調整，由早先的“軍事第一、反攻第一”改為“政治為主、軍事為從”“七分政治、三分軍事”。正是在這樣的歷史條件下，炮擊金門(mén)后的兩岸軍事緊張狀態(tài)較之前有所緩和，大規模的軍事沖突減少。