據臺灣媒體報道，今年八月林全“內閣”敲定，新設機關(guān)“海洋事務(wù)委員會(huì )”明年四月將于高雄成立，“海巡署”改隸其下，由二級降為三級機關(guān)，近來(lái)已引起署內恐慌。“海巡署”內部官員坦承，如果臺當局沒(méi)有充分配套措施，高階官員低占職缺“一層壓一層”的情況將十分嚴重，部分中低職等官員可能十幾年升不了官，對士氣的打擊相當嚴重。

據報道，“海巡署”人員透露，同仁們今年底之前，會(huì )被要求填寫(xiě)意愿書(shū)，詢(xún)問(wèn)是否愿意轉往新成立的“海洋委員會(huì )”任職。但是如果南下“海洋委員會(huì )”，當局并不安排宿舍，必須自行在高雄尋覓住處。

投訴人向臺媒指出，配合“海巡署”降編，主管員額就會(huì )減少，未來(lái)大多數簡(jiǎn)任官恐都將離開(kāi)主管職，甚至目前傳出，連薦任科長(cháng)也將大減六十幾個(gè)，只能降為編審或專(zhuān)員。他們的本俸雖不至于受影響，但將因此無(wú)法領(lǐng)取主管加給，而且對于有嚴格退伍年限的軍職人員而言，更等于未來(lái)升遷無(wú)望，因此提前報退的人數明顯增加。

“海巡署”官員則舉例，目前“海巡署”轄下的“海洋巡防總局長(cháng)”與“海岸巡防總局長(cháng)”都是十三職等，未來(lái)十三職等的缺只有“副署長(cháng)”一職，目前“副署長(cháng)”已有人擔任，兩個(gè)“總局長(cháng)”只能先以十三職等官階，去占只有十二職等幕僚參事缺，等到未來(lái)“副署長(cháng)”高升或退休再遞補。

同樣的道理，“海巡署主秘”一職原本是十二職等，改制后主秘可能會(huì )以十二職等先占十一職等的專(zhuān)門(mén)委員等職缺，結果是高階先占較低階位置，較低官員再占更低階位置，一層壓一層，未來(lái)要等到上頭的高階官員消化官位完畢后，基層官員才能往上升遷。

因此，內部官員指出，目前“海巡署”內部最關(guān)心的就是希望“海委會(huì )”將來(lái)成立后，是否能有位置讓“海巡署”官員過(guò)去；另外“海委會(huì )”未來(lái)除“海巡署”外，還會(huì )有“海洋保育署”，“海保署”是否也有職缺可容納“海巡署”官員，成為“海巡署”內部期盼的方向。

“海巡署”正向“行政院”爭取，是否可以在未來(lái)“海巡署”中增設處級單位，這樣十二職等的一級主管就有位置可以容納，但目前只有調查局設處級單位，連“警政署”都只設十一職等的組級單位，未來(lái)是否能增設處級，“海巡署”沒(méi)有把握。